Manusia abadi misterius yang dikenal sebagai "Ajin" pertama kali muncul 17 tahun yang lalu di Afrika. Setelah penemuan mereka, mereka dicap sebagai ancaman bagi umat manusia, karena mereka mungkin menggunakan kekuatan mereka untuk kejahatan dan tidak mampu dihancurkan. Sejak itu, setiap kali seorang Ajin ditemukan dalam masyarakat, mereka harus segera ditangkap dan ditahan.
Belajar keras untuk menjadi dokter, Kei Nagai adalah siswa sekolah menengah yang tahu sedikit tentang Ajin, hanya melihat mereka muncul di berita sesekali. Siswa diajari bahwa makhluk ini tidak dianggap sebagai manusia, tetapi Kei tidak terlalu memperhatikan di kelas. Akibatnya, pemahamannya yang sangat kecil tentang hal ini terbukti sama sekali tidak relevan ketika dia selamat dari kecelakaan yang seharusnya merenggut nyawanya, menandakan kelahirannya kembali sebagai Ajin dan awal dari hari-hari siksaannya. Namun, saat dia menemukan dirinya sendirian dalam pelarian dari seluruh dunia, Kei segera menyadari bahwa lebih banyak spesiesnya mungkin jauh lebih dekat daripada yang dia pikirkan.
