Dua tahun telah berlalu sejak serangan CCG di Anteiku. Meskipun atmosfer di Tokyo telah berubah secara drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, ghoul terus menimbulkan masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang mengakui ancaman CCG yang semakin besar terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Pasukan Quinx, dapat memberikan CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk memusnahkan penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus hantu, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah-ghoul, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus yang terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak hal dari pemuda ini daripada yang terlihat, karena ingatan yang tidak diketahui mencakar pikirannya, perlahan-lahan mengingatkannya pada orang yang dulu.
